正當劉正山在搜狐闖蕩天下、收入頗豐之時，東北財大的老教授程勉先生卻規勸他繼續讀書，從事學術研究。
思考再三，劉正山辭掉搜狐的工作，報考了中央財經大學的研究生。同時，在《中國土地》雜志謀了一份閑差。《中國土地》是"全國中文核心期刊"，對于從事學術研究的人士而言，這樣的期刊是發表論文乃至用于評定職稱的規定期刊，也是理想期刊。對于劉正山而言，這種一個月出版一期的刊物，工作量不大。通過在新華社練就的編輯水平和在搜狐練就的編輯速度，一個月的工作，他兩三天就可以完成
這邊的工資不高，每個月不過2000多元，遠遠低于搜狐，但是劉正山卻有如魚得水的感覺，因為有充裕的時間學習和研究。這期間，劉正山應邀擔任了天涯社區(tianya)經濟論壇顧問，給《國際金融報》等多家報刊撰寫經濟學專欄文章。從2002年初到2003年底，劉正山發表論文、隨筆和評論達上百篇。
2003年，劉正山出任《中國土地》雜志的執行主編，也是歷屆主編中最年輕的。他就任之后，推行了一系列的改革措施，包括開設專欄邀請于光遠、林毅夫等最為權威的經濟學家撰寫文章等等，深得讀者好評。
2004年，劉正山完成了碩士研究生的學習，接著又報考了東北財經大學的博士。9月份，劉正山辭職，回到母校，繼續學生生涯。
劉正山很喜歡學校的環境：按時起床、上課、自習。他最喜歡的，依然是泡圖書館。博士的借書卡一次可以借閱十多本書，期限長達90天。劉正山獨住一間宿舍，于是，每次借閱一大堆書，抱回宿舍，慢慢品讀。看完之后，再換回一堆書。
劉正山讀書有一個特點，先"正讀"，也就是說，不做任何先入之見，全面理解作者的意思；然后"反讀"，也就是說，給作者挑毛病，找漏洞；最后是"綜合讀"，也就是公允地評價作者的觀點。這一次的讀書過程中，他積累了厚厚的幾本讀書筆記，后來由福建人民出版社予以出版，書名為《經濟學林論劍》。
著名經濟學家、國防大學教授盧周來撰文說："劉正山博士的《經濟學林論劍--與60多位知名學者商榷》一書，應該值得我們重視。書中不僅僅對目前華人圈內一些著名經濟學家如張五常、楊小凱、茅于軾、厲以寧、林毅夫等人的相關觀點都提出了異議，甚至對一些世界級經濟學大師如科斯、斯蒂格勒、楊格、卡納曼等的某些思想提出了質疑。仔細看來，這些異議與質疑都并非空穴來風，而是言之成理的。"
讀博期間，劉正山還撰寫了《土地兼并的歷史檢視》、《票號的本質》等多篇頗有影響力的學術論文。前者入選中國經濟學年會，并發表在《經濟學季刊》上，還獲得了東北財經大學研究生學術成果特等獎。
這些成果，讓劉正山在學術界嶄露頭角。2004年底至2005年，劉正山在網絡社區天涯連載經濟學武俠小說《郎咸平外傳》，更是讓經濟學界刮目相看：這個劉正山不僅經濟學功底深厚，還擅長文學創作。
2006年，勞動和社會保障部(今人力資源和社會保障部)擬出臺"房地產策劃師國家職業標準"，邀請劉正山擔任終審專家。此外，他還兼任《經濟學季刊》匿名審稿專家，新浪網、新民網等特約評論員。
2007年1月，福建人民出版社出版了一套《經濟學家隨筆書系》，劉正山所著《幸福經濟學》是其中引人注目的一種，它專門回答這樣兩個問題：人活著究竟是為了什么？人如何才能更好地活著？這是中國學者出版的第一本幸福經濟學著作。2008年1月，《光明日報》評選的"2007年度中國學術十大熱點"，這本書被列為代表作。《華夏時報》、《科技日報》、《中國社會報》、中國新聞社等多家媒體采訪和報道劉正山的學術觀點時，稱他為"幸福經濟學的提出者"、"幸福指數研究的主要推動者之一"。
到了2009年底，全國人大財經委副主任、前中國人民銀行副行長吳曉靈主持的幸福指數課題組，邀請國家統計局前局長邱曉華、中共中央黨校教授周天勇以及劉正山等10多位學者參與。課題組最終以劉正山設計的指標為"藍本"，確定了幸福指數的指標體系。
做學問，博采眾長是極為重要的。在東北財經大學修夠學分之后，劉正山尚有充足的時間，便聯系北京大學中國經濟研究中心，在那里又進修了一個學期。
在北京大學讀書期間，劉正山廣泛參與各種學術活動，從網絡媒體組織的論壇，到學術機構和官方機構組織的討論，時常可見他的身影。后來，中共中央編譯局、中國經濟體制改革研究會等紛紛邀請劉正山參會，并作主題演講，演講觀點刊發于《國內外理論動態》、《改革內參》、《經濟日報》等報刊。
守望從拒絕誘惑到潛心學術
劉正山將主要精力放在基礎理論的研究上。以前，一位老師曾經跟他講，做基礎理論研究是最為辛苦的，耗費的精力多，出的成果卻很少。劉正山堅信，基礎理論研究是一個磨刀的過程，只有磨好了刀，才能保證砍柴的便利。
當然，埋頭于理論研究，并不等于將自己封閉在象牙塔中，劉正山也抽出時間積極參與"現實"。他深知"經世致用"之理，"現實"是理論的源泉之一，不參與現實，難免閉門造車。
2007年5月，國務院副秘書長徐紹史調任國土資源部部長，急需一份內參，安排下來，由劉正山負責籌辦。創刊之時，因為經費和編制問題所限，劉正山只是光桿司令，一個人充當總編輯、編輯、校對、發刊員等等，而且每周出刊三種。這種情況持續了半年。徐紹史專門安排劉正山給各司局的領導同志介紹刊物情況，并多次表揚。后來，國土資源部專門下發文件，并成立《國土資源輿情》編輯部，由劉正山任主編。
2008年5月12日，汶川大地震發生之后，如何準確估算出地震帶來的經濟損失，是災后重建的首要工作。劉正山根據所掌握的投資學知識估算認為，這次地震的直接經濟損失約為5000億元人民幣，并于2008年5月16日發布了報告，迅即引起國內外的廣泛關注，英國路透社、《中國證券報》、香港《經濟日報》、香港鳳凰衛視等上百家媒體廣泛引用劉正山的估算數。國家信息中心、國家發改委等國家權威部門均認可劉正山的估算。國家信息中心發布的研究報告稱："根據劉正山對各地區受災損失的估計，地震帶來的直接經濟損失大約為5252億元人民幣左右。在較早發布的評估分析中，此項估計曾經被稱為國內最悲觀的估計，現在看來可能較前面的估計更為接近實際損失。"
2008年，劉正山參與中共中央黨校副校長李君如和中國人民保險集團公司總裁吳焰主持的課題--《建設中國特色農村社會保障體系》。劉正山撰寫了課題的第7章《建立農村社會保障體系需要處理的一些重大關系》。國務院總理溫家寶和副總理李克強、回良玉、張德江、王岐山，對《建設中國特色農村社會保障體系》非常重視，都作了重要批示，認為此文對開展農村社會保障工作很有參考價值，批轉財政部、人力資源和社會保障部、國土資源部、衛生部等國務院有關部門參考研究。
當不少學者在自己的博客或者著作的介紹上自稱"經濟學家"的時候，劉正山堅持在博客的自我介紹中寫上"學者"二字，在自己的學術著作的"作者介紹"中，只是簡略的說是"博士"。盡管劉正山入選"2008價值中國最具影響力百強專家"，又獲博客中國網評選的"2008年度最佳博客獎"，國內外的權威媒體早已稱呼其為"著名經濟學家"，但他依然堅守一個底線：學海無涯，自己只是一個在海邊玩耍的孩童。
劉正山說，他的學術之路才剛剛開始。他所取得的成績，除卻方法、悟性之外，是堅持。何謂堅持？通俗地講，就是拼命三郎的精神，看準了一件事情，要專一、堅持、不怕苦。文雅地說，就是歷史學家范文瀾的治學格言"板凳要坐十年冷，文章不寫一句空"。不論你從事什么行業，甚至是學習，都必須能夠專下心來，否則，即便是你智商爆棚，也難以取得佳績。
在北京這樣充滿種種誘惑的大都市，劉正山盡可能地排除外界的干擾。他的主要時間包括業余時間，都用在查閱資料、思考問題、撰寫文章上面。2008年國慶、中秋雙節放假8天，劉正山除了10月1日陪妻子游覽奧林匹克森林公園之外，其余7天均用于看書寫論著，幾乎沒有下樓。
劉正山常說，人與人之間智商并無天壤之別，差別在于每個人的努力和方法。譬如說，我們學習歷史，都知道魯國的"初稅畝"。很多解釋認為，魯國在中國歷史上首次征稅(或農業稅)，所以叫做"初稅畝"。你該如何理解？人云亦云？當然不能。學習或者研究，要從基礎入手。這是方法。那么，你就要首先明白什么是"稅"。這可不是一件容易的事情。古代的"稅"與現代的"稅"，意思并不相同，你需要翻閱大量的資料才能搞清楚。這就需要用功、努力。劉正山為了徹底搞明白"稅"、"畝"這兩個字的涵義，便花費了好幾周時間。不過，這種苦功夫是值得下的，他因此而重新解釋了"初稅畝"，自成一家之言。
當前，劉正山正忙于撰寫一本學術論著--《中國土地改革史》，是國家規劃項目。劉正山的夢想是為貫通上下五千年、架起東西方學術橋梁砌一塊磚。他在為鑄造這塊金磚而嘔心瀝血。