在《故國(guó)人民有所思》一書中，觸目皆是這類例子。大學(xué)共同體本來是一個(gè)以學(xué)術(shù)權(quán)威為中心的禮治共同體，然而運(yùn)動(dòng)顛覆了原本的共同體秩序，不斷鼓勵(lì)學(xué)生向老師挑戰(zhàn)，青年教師向老一輩學(xué)者發(fā)難。馮友蘭的發(fā)言被年輕人一再打斷，還被指著鼻子警告：“我提醒你注意”如何如何。北大化學(xué)系傅鷹教授身為副校長(zhǎng)，但在系里得不到尊重，化學(xué)系總支屢屢向傅鷹挑釁，試圖在人事、學(xué)術(shù)、教學(xué)上由總支獨(dú)攬大權(quán)。傅鷹傷心地說：“青年老年之間這幾年傷了感情，過去我們對(duì)學(xué)生真是用心，現(xiàn)在感情大不如以前，年輕人對(duì)老教師也毫無感情，雙方如此，自然不易搞好。”
在意志上被迫接受思想改造，并不意味著知識(shí)分子在理性上沒有自覺的成分。之所以如此，乃有其復(fù)雜的思想脈絡(luò)和歷史語境。中國(guó)知識(shí)分子對(duì)新政權(quán)的認(rèn)同，有三個(gè)不同的層面，第一是政治上接受新政權(quán)；第二是思想上接受新的國(guó)家意識(shí)形態(tài)；第三是學(xué)術(shù)上接受馬列主義方法指導(dǎo)。在第一個(gè)政治層面，可以說大部分留在大陸的知識(shí)分子都對(duì)新政權(quán)有所期待。原因無他，乃是他們太痛恨腐敗的國(guó)民黨，共產(chǎn)黨初入城時(shí)所帶來的新氣象，讓許多知識(shí)分子都欣喜不已，對(duì)新政權(quán)有好感，產(chǎn)生了政治上的認(rèn)同。《故國(guó)人民有所思》中有一篇談的是著名史學(xué)大師陳垣。北平和平解放前夕，南京政府三次派專機(jī)接他南下，這位輔仁大學(xué)校長(zhǎng)就是不走，他說：“我是抱著懷疑的心理要看一看，到底什么原因共產(chǎn)黨能打敗國(guó)民黨的幾百萬軍隊(duì)？這一定有個(gè)道理。”如同陳垣一樣，不少有理性自覺的知識(shí)分子對(duì)新政權(quán)背后的意識(shí)形態(tài)充滿好奇之心。北平剛剛和平解放不久，清華的一些教授自動(dòng)組織起來，學(xué)習(xí)自己所陌生的馬列主義。陳垣在1949年之后的積極態(tài)度，包括批判學(xué)術(shù)上的老友胡適，連胡適在美國(guó)都感到詫異，認(rèn)為是被逼的。其實(shí)，未必沒有自覺的成分。到1958年，陳垣老先生以七十八歲的高齡申請(qǐng)入黨，引起知識(shí)界轟動(dòng)，成為思想改造成功的標(biāo)桿性人物。他有一句經(jīng)常被統(tǒng)戰(zhàn)部門的工作報(bào)告引用的名言：“過去幾十年自己太無知了，恨自己接觸黨太晚了。”
在思想層面，雖然大部分知識(shí)分子都是廣義上的自由主義者，但近代中國(guó)的自由主義不是洛克、哈耶克那一路的古典自由主義，而是結(jié)合了社會(huì)主義理念的新自由主義或社會(huì)民主主義。在意識(shí)形態(tài)層面，他們不論在理想境界還是現(xiàn)實(shí)問題上，對(duì)新民主主義、社會(huì)主義乃至共產(chǎn)主義理想并非完全疏離，相反倒具有某種親和性。許多知識(shí)分子愿意慢慢接觸和了解新國(guó)家意識(shí)形態(tài)，雖然在學(xué)術(shù)層面他們還想保持自己的獨(dú)立和自由。
不過，群眾性運(yùn)動(dòng)疾風(fēng)驟雨，如何等得了知識(shí)分子的自覺轉(zhuǎn)變？一萬年太久，只爭(zhēng)朝夕。顧頡剛抱怨說：“本年三反、五反、思想改造三種運(yùn)動(dòng)，剛無不參與，而皆未真有所會(huì)悟。所以然者，每一運(yùn)動(dòng)皆過于緊張迫促，無從容思考之余地。剛以前作《〈古史辨〉自序》，是任北大助教六年，慢慢讀、慢慢想而得到的。因?yàn)橛行﹥?nèi)容，所以發(fā)生了二十余年的影響。今馬列主義之精深博大，超過我《古史辨》工作何限，而工作同志要人一下就搞通，以剛之愚，實(shí)不知其可。”
思想改造運(yùn)動(dòng)自有從延安開始的一套辦法，理解要轉(zhuǎn)變，不理解也要轉(zhuǎn)變。這就是向知識(shí)分子大喝一聲：你的立場(chǎng)站錯(cuò)了！從儒家士大夫到近代知識(shí)分子，中國(guó)讀書人都相信家國(guó)天下、士志于道，自信熱愛社稷、心系黎民。兩千年來，縱然讀書人有百般缺點(diǎn)，但愛國(guó)愛民的拳拳之心，還從來沒有被懷疑過。然而，在思想改造運(yùn)動(dòng)之中，知識(shí)分子賴以自信與自尊的基石被兩種誰也不敢反對(duì)的意識(shí)形態(tài)徹底摧毀了。擺在讀書人面前的，是兩個(gè)非此即彼的立場(chǎng)選擇：一個(gè)是民族主義：你是站在帝國(guó)主義立場(chǎng)，還是中華民族立場(chǎng)？另一個(gè)平民主義：你是站在資產(chǎn)階級(jí)一邊，還是平民大眾一邊？正是這一“態(tài)度/立場(chǎng)決定論”，從第一個(gè)回合交手，就瓦解了讀書人的思想學(xué)術(shù)防線。